自作パソコンの最大のメリットは、好きなパーツを自由に選んで組み合わせることが出来る点です。しかし、この自由に選べるということが逆にデメリットになってしまうこともあるのです。それが、パーツごとの物理的な干渉です。具体的には、パソコンのケースが小さいがためにビデオカードが収まりきらなかったり、メモリのヒートシンクが大型CPUクーラーに物理的に接触してしまうといったことが挙げられます。
特に近年主流になっているサイドフロー型のCPUクーラーは、トップフロー型に比べて背が高いです。そのため、横幅が狭いミドルタワーケースやミニタワーケースに加え、マザーボードの上に電源を配置する構造を採用している小型ケースでは特に注意が必要です。また、大型のCPUクーラーは、CPUソケットの周辺にあるマザーボード上のチップを冷却するためのヒートシンクやメモリに干渉することがあります。高性能なビデオカードは大型化が進んでおり、全長が30cmを超えるものもあります。
こういったビデオカードを利用するには大型のフルタワーケースが必要になります。物理的干渉を避けるためには、事前にスペックシートを確認し、各パーツの大きさを把握した上で配置のシミュレーションをしておくことが重要です。インターネットで利用者のレビューをチェックしたり、販売店の展示機で確認するといった方法も考えられます。自作パソコンを組み立てるときは、パーツの性能や価格だけでなく、サイズも確認するべきなのです。